Makna filosofis lambang Mubarokul Ulum :
- Warna hijau daun dasar, melangbangkan kesejahteraan dan kedamaian.
- Lingkaran pada logo merupakan simbol pendidikan yang dilakukan secara berkelanjutan/ terus menerus.
- Gambar Bola Dunia melambangkan tempat hidup, tempat berjuang, dan beramal di dunia ini dan melambangkan pula bahwa asal kejadian manusia itu dari tanah dan akan kembali ke tanahBuku merupakan sumber bagi segala ilmu yang dapat bermanfaat bagi kehidupan manusia.
- Latar belakang dengan warna kuning : Menunjukkan kesuburan/ pertumbuhan, kesuksesan dan menumbuhkan kreatifitas
- Tulisan Pondok Pesantren Mubarokul Ulum menunjukan identitas Lembaga, ditulis dengan huruf kapital sebagai simbol percaya diri, tegas, wibawa
- Waran Merah : melambangkan Keberanian.
- Putih : Kesucian
- Buku terbuka melambangkan setiap usaha untuk menggapai cita-cita tidak lepas dari ilmu pengetahuan
- Tulisan Qur’ani melambangkan kehidupan seluruh warga Mubarokul Ulum harus di landasi Al Qur-an
- Tulisan Brebes menunjukan Wilayah Kabupaten Brebes